Registre phytosanitaire numérique : soyez prêt pour 2027

Dès le 1er janvier 2027 (et non plus le 1er janvier 2026), l’obligation de tenir un registre phytosanitaire numérique s’imposera à tous les agriculteurs, viticulteurs, maraîchers ETA, ainsi qu’aux exploitations en agriculture biologique ou sous certification environnementale. Pour répondre aux exigences de traçabilité du plan Ecophyto 2030, votre registre phyto doit désormais adopter un format digital « lisible par machine ». Ce guide complet sur la digitalisation de ce document vous donne les clés pour décrypter la réglementation à venir et sécuriser votre conformité, vos aides PAC et le pilotage de votre activité. 

Registre phytosanitaire numérique : soyez prêt pour 2027

2027 approche : êtes-vous conforme ? 

Anticipez dès maintenant pour éviter risques et sanctions

Découvrez Geofolia gratuitement

Quelles différences avec le registre phytosanitaire papier ? 

Indispensable à tout utilisateur professionnel de produits phytopharmaceutiques, le registre phytosanitaire est le document qui garantit la traçabilité complète des interventions sur l'exploitation. Preuve de conformité lors d’un contrôle, il atteste du respect des bonnes pratiques agricoles et de la réglementation en vigueur.

Auparavant tenu sur carnet de plaine, ce document doit, à compter du 1er janvier 2027, basculer vers un format numérique « lisible par machine », ceci afin que les données (dates, doses, parcelles…) puissent être extraites automatiquement par un logiciel ou une application administrative.

Voici ce qui caractérise désormais la version digitale du registre phyto :

• Un périmètre de suivi élargi : Au-delà des traitements phytosanitaires classiques, vous devez désormais enregistrer l’utilisation des adjuvants ainsi que le semis de semences traitées (si le traitement n'a pas été consigné par l'établissement d'origine), sans oublier les traitements sur les lieux de stockage et sur les produits récoltés, ainsi que les cultures sous serre.
• L'interdiction du format « image » : La simple numérisation d'un document manuscrit (comme un scan PDF) ou un tableau Excel non structuré ne sont plus acceptés. L’administration exige un document numérique exploitable informatiquement.
• Un socle de données obligatoires : Pour chaque intervention, le registre numérique de l’exploitation doit comporter un ensemble de variables structurées permettant l’extraction automatique des données. Sont notamment requis :
  • Votre numéro SIRET
  • La localisation de la parcelle (référence RPG/îlot PAC ou coordonnées GPS)
  • La nature de l’opération réalisée
  • Le nom commercial du/des produits utilisés et numéro d’autorisation de mise sur le marché (AMM)
  • La date d’utilisation et l’heure d’application
  • La dose appliquée (kg/ha, L/ha, etc.) ainsi que la surface (hectares ou m²) ou le volume traité
  • La culture concernée et son code EPPO
  • Le stade phénologique (code BBCH) au moment de l’application
  • Le caractère biologique ou non de la production
• Une durée de conservation : Pour garantir la traçabilité des substances actives épandues, les informations du registre numérique doivent être conservées pendant au moins 5 ans, tout en assurant leur intégrité.

Pourquoi cette réforme vers une version numérique ?

Cette évolution vers un registre numérique s’inscrit dans le cadre du plan Ecophyto 2030, qui vise une réduction de 50 % de l'utilisation des pesticides d'ici la fin de la décennie, ainsi que de la stratégie européenne  
« De la ferme à la table ».

Cette numérisation répond également aux exigences du règlement européen SAIO (Statistics on Agricultural Input and Output). L’enjeu est d'harmoniser la collecte des données à l'échelle de l'Union européenne pour garantir une transparence totale sur les matières actives utilisées, ceci afin de mieux évaluer leur impact sur l'environnement et la santé.

Et au niveau de la France, la tentative de collecte de ces données prend actuellement la forme de projets tels le projet Prophyl, porté par le service de la statistique et de la prospective (SSP) du ministère de l’Agriculture, de l’Agro-alimentaire et de la Souveraineté alimentaire.

Avantages du format digital pour les exploitants

Si elle peut paraître contraignante, la digitalisation du registre apporte des bénéfices concrets pour votre exploitation agricole :

• Gain de temps administratif : fini la double saisie et la recherche de documents égarés. La gestion des interventions est simplifiée et centralisée.
• Sécurisation des données : un registre numérique pour votre ferme garantit l’intégrité et la pérennité de vos informations sur 5 ans, à l’abri des pertes physiques.
• Aide au pilotage : en analysant vos propres données de traitements, vous optimisez vos doses et vos coûts de revient. Le registre devient un tableau de bord pour améliorer vos marges.
• Conformité PAC : l’utilisation d’un logiciel de gestion parcellaire sécurise vos déclarations pour les aides de la PAC et les certifications (HVE, Bio, etc.).
• Réactivité : les outils connectés permettent un suivi rigoureux des pressions parasitaires et une traçabilité sans faille, de l'observation au champ jusqu'à l'application.

Qui est concerné par le registre numérique ? 

L'obligation de basculer vers la version numérique du registre phytosanitaire s’impose à l'ensemble des utilisateurs de pesticides professionnels au sein de l'Union européenne, à savoir :

• Les professionnels du monde agricole : agriculteurs, viticulteurs, maraîchers, horticulteurs et arboriculteurs…
• Les gestionnaires d’espaces fermés : serristes, responsables de silos ou d’installations de traitements et de stockage…
• Les acteurs des Zones Non Agricoles (ZNA) : collectivités territoriales et entreprises d'entretien d'infrastructures ou d'espaces-verts…

Chaque établissement identifié par un numéro SIRET, qu'il réalise lui-même ses traitements phytosanitaires ou qu'il délègue l'épandage à un tiers, a la responsabilité de tenir un registre numérique conforme.

Le cas spécifique des prestataires de service et ETA

Lorsqu'une Entreprise de Travaux Agricoles (ETA) ou tout autre prestataire de service intervient sur une parcelle pour le compte d'un client, il devient responsable de la traçabilité des produits phytos appliqués.

Les prestataires doivent légalement fournir à leur client un accès direct au registre numérique ou une copie certifiée des interventions. Cette transmission doit se faire sans tarder (10 jours ouvrables maximum) pour permettre à l'agriculteur de mettre à jour son propre suivi.

Pour une traçabilité irréprochable, chaque enregistrement doit désormais mentionner deux numéros SIRET : celui du prestataire (détenteur du registre) et celui du bénéficiaire (l’exploitation agricole).

Enfin, pour sécuriser ces échanges, il est exigé d’adopter un logiciel permettant de générer des fiches de travaux dématérialisées, ceci afin de consigner avec précision :

• Le produit phytosanitaire

• La dose de produit à l'hectare

• Et les conditions d'application (météo, ZNT, etc.)
  

Une gestion pensée pour votre métier 

 Toutes vos interventions tracées, conformes et accessibles en un clic 

Découvrir nos solutions ETA

Calendrier : pourquoi le report de 2026 à 2027 ? 

L’obligation de tenir un registre phytosanitaire numérique était initialement fixée au 1er janvier 2026. Cependant, début octobre 2025, les États membres de l’Union européenne (comité SCOPAFF) ont acté un report officiel de l'entrée en vigueur au 1er janvier 2027.

Ce sursis d'un an a été accordé pour garantir une transition réussie au sein des exploitations agricoles :

• D’abord pour permettre aux éditeurs de logiciels et aux administrations d'affiner les outils de dématérialisation.
• Puis pour donner le temps nécessaire aux agriculteurs, viticulteurs et prestataires pour s'approprier ces nouveaux usages numériques.
• Enfin pour laisser à la France le délai suffisant pour intégrer les derniers arrêtés précisant les modalités de cette numérisation.

Une digitalisation du registre en 2 étapes

Pour ne pas bousculer les habitudes de travail sur l'exploitation, la réglementation prévoit une mise en place progressive :

• Phase 1️⃣ (du 1er janvier 2027 au 31 décembre 2029) : Vous pouvez continuer à noter vos interventions phytosanitaires sur le support de votre choix (carnet de plaine, Excel). Toutefois, ces données devront obligatoirement être converties dans un format numérique structuré (« lisible par machine ») au plus tard le 31 janvier de l'année suivante.
• Phase 2️⃣ (à partir du 1er janvier 2030) : La conversion au format électronique devra être effectuée dans un délai maximal de 30 jours après l'utilisation des pesticides.

Titre invisible

Infos obligatoires à renseigner dans le registre

Fini le temps des notes éparses sur un carnet de plaine. Avec la dématérialisation du registre phytosanitaire, les informations doivent être structurées, complètes et immédiatement exploitables en cas de contrôle.

Pour répondre aux exigences du Règlement UE 2023/564, complété par les spécificités françaises, chaque intervention phytosanitaire doit intégrer les éléments suivants :

À ces éléments s’ajoutent des informations spécifiques à la réglementation française, destinées à affiner le suivi des pratiques agricoles (selon le projet d'arrêté de décembre 2025), à savoir :

• Le stade phénologique : développement de la culture au moment de l’épandage, exprimé via l'échelle BBCH.
• Le diagnostic sanitaire : nom de l’organisme nuisible ciblé (ravageur, maladie comme le mildiou) et observation ayant déclenché le traitement.
• Le suivi de la récolte : variété semée et date de récolte.
• La gestion de l’élevage : pour les prairies, le délai de remise en pâture après traitement devient une mention obligatoire.
• L’applicateur : identité de la personne ayant réalisé l’intervention.

Enfin, à partir de 2027, le périmètre du registre s'élargit pour inclure les semences traitées et les adjuvants. Voici les nouveautés :

Formats autorisés pour déclarer votre registre numérique

L’une des évolutions majeures de la réforme 2027 est l’exigence d’un format « lisible par machine ». Au sens de la directive européenne (UE 2019/1024), il s’agit d’un fichier structuré permettant à un logiciel d'identifier, de reconnaître et d'extraire automatiquement des données spécifiques (dates, doses, substances actives).

Pour être en conformité lors d'un contrôle, votre registre devra impérativement être produit sous l'un des formats suivants :

• Fichiers de données structurés : formats XML (.xml) ou CSV (.csv).
• Tableurs standards : fichiers Excel (.xlsx), à condition qu’ils respectent scrupuleusement une structure de colonnes et de données définie par l'administration.
• Extractions logicielles : fichiers générés automatiquement par votre logiciel de gestion parcellaire (➡️ comme Geofolia).

PDF scanné et version papier : pourquoi l’interdiction ? 

Le traditionnel carnet de plaine manuscrit et ses variantes numériques « statiques » ne répondent plus aux exigences de traçabilité actuelles.

Les saisies manuscrites, même numérisées (scan ou photo au format PDF), ne répondent pas aux exigences du format « lisible par machine » et risquent d’être rejetées lors d’un contrôle.

Ces formats sont exclus pour 3 raisons principales :

• Absence de structure : un logiciel ne peut pas « lire » ou extraire automatiquement des données depuis une image ou un scan.
• Risque d'intégrité : le format numérique structuré garantit mieux l'intégrité des données sur la durée de conservation obligatoire de 5 ans.
• Incompatibilité statistique : ils ne permettent pas la remontée automatisée des données pour le règlement européen SAIO.

Excel ou logiciel de gestion parcellaire : que choisir ?

Deux options s'offrent à vous pour répondre à la nouvelle réglementation :

Critères

Tableur Excel structuré

Logiciel de gestion parcellaire

Intérêt

Le ministère de l'Agriculture devrait proposer un modèle type. C'est une solution économique.

C'est la solution la plus sécurisée et la plus performante.

Fiabilité et conformité

Elle s'avère risquée : la moindre erreur de saisie ou modification de la structure du fichier peut le rendre non conforme. Elle demande une rigueur constante.

Conformité garantie : le logiciel assure que vos exports (XML, CSV) respectent scrupuleusement la nomenclature administrative. Il propose aussi des alertes pour vérifier le bon usage des produits phytosanitaires et contrôler que le document sera correct réglementairement en cas de contrôle.

Usage et fonctionnalités

Zéro ressaisie : vos enregistrements quotidiens génèrent automatiquement un registre conforme. Saisie mobile : enregistrez vos interventions directement depuis votre smartphone, au pied de la parcelle.

Valeur ajoutée métier

Pilotage global : vous croisez votre registre avec votre carnet de plaine pour optimiser vos marges et sécuriser vos aides PAC.

Pour les exploitants souhaitant déléguer cette tâche, il est possible de passer par un partenaire (coopérative, négoce, centre de gestion) qui réalisera la saisie et fournira l’export numérique requis.

Que faire en cas de contrôle du registre ?

En cas de contrôle (DGAL, inspection du travail), le registre numérique sert de preuve de conformité. La réactivité est de mise :

• Communication immédiate : sur simple demande, vous devez être en mesure de présenter votre registre à l'autorité compétente.
• Règle des 10 jours : si le contrôleur exige les données dans le format électronique officiel (même avant la date butoir de conversion annuelle), vous disposez de 10 jours ouvrables pour les fournir.
• Responsabilité des prestataires (ETA) : Si vous faites appel à un tiers pour vos épandages, celui-ci doit vous garantir un accès permanent et fluide à vos données de traitement en cas d'inspection sur votre ferme.

Comment numériser votre registre phytosanitaire ?

Si ce n’est déjà fait, nous vous recommandons d’anticiper le passage du papier au numérique pour éviter toute précipitation à l'échéance de janvier 2027. Voici la marche à suivre pour réussir votre transition en toute conformité et avec sérénité :

Durée de conservation des informations
du registre 

Une fois saisies, les informations de votre registre phytosanitaire numérique doivent être conservées pendant une durée minimale de 5 ans après leur enregistrement.

En cas de contrôle, la présentation d'un registre conforme et complet est indispensable pour le maintien de vos aides PAC et pour justifier du respect des délais de récolte ou de rentrée en pâture.

Avec Geofolia, vous centralisez vos codes AMM, vos doses et vos SIRET en quelques clics. Votre registre est prêt à être exporté instantanément, une garantie de sérénité pour être conforme aux exigences de 2027 et 2030.

➡️ En savoir plus sur l'application

Passez à l’étape suivante 

Découvrez la solution en conditions réelles 

Demander une démo

Tout savoir sur le Conseil Stratégique Phytosanitaire (CSP)

Diagnostic phytosanitaire pour vos arbres : le guide complet

Tableau de mélanges phytosanitaires : réglementation 2026